فهم حکمت متعالیه و تحقیق در آن به عنوان دستگاهی نظاممند در فلسفۀ اسلامی و تبیین نوع پژوهش انجام شده در عرصههای مختلف آن، نیازمند توجه به مبانی و نوع روششناسی حاکم در آن است تا مطالب مختلفی که در آن عرضه شده به خوبی فهم شود. متن دینی و حقایق شهودی در حکمت متعالیه حضور پررنگی دارند. در جهت دفع و رفع شبهات و تبیین این حضور در ضمن بیان روششناسی حکمت متعالیه، ظرفیتها و بالندگی این فلسفه در جهت تحقیقات فلسفی اسلامی آشکار میشود. حکمت متعالیه، رابطۀ منسجم فلسفه با دین و عرفان را تشریح میکند که تبیین فلسفی روششناسی آن میتواند به عنوان الگویی کلان در جهت بسط و تعمیق تحقیقات علوم دینی مرتبط، مورد توجه قرار گیرد. از این رو در ضمن تبیین روششناسی حکمت متعالیه، به چیستی و مبانی روش خاص این حکمت؛ یعنی روش اشراقی-بحثی پرداخته شده که در آن، میان شهود و عقل جمع شده است. همچنین به تبیین روش عام این حکمت؛ یعنی ماهیت و مبانی بهرهگیری ملاصدرا از متون دینی و عرفان نظری در حکمت متعالیه پرداخته شده است و در آخر به برخی از ثمرات بکارگیری این روش تحقیقی در فلسفه، اشاره شده است.