مسئله معجزه از مهم‌ترین مباحث در فلسفه دین و تفسیر متون مقدس است؛ زیرا مرز میان عقل، ایمان و تجربه دینی را روشن می‌سازد. در اندیشه اسلامی، علامه طباطبایی با تلفیق مبانی فلسفه صدرایی و روش تفسیر قرآنی، معجزه را حقیقتی عینی و مطابق با نظام علی و حکیمانه هستی می‌داند. از دید او، عالم طبیعت مرتبه‌ای از مراتب وجود است و پیوند علّی میان مراتب هستی هرگز گسسته نمی‌شود؛ بنابراین، معجزه نه نقض قوانین طبیعت، بلکه ظهور اراده الهی در سطحی فراتر از اسباب مادی است. در مقابل، رودلف بولتمان، متأثر از الهیات پروتستان مدرن و هرمنوتیک وجودی، در نظریه اسطوره‌زدایی خود، معجزه را نه رخدادی واقعی در جهان خارج، بلکه بیانی نمادین از ایمان انسان به خداوند می‌انگارد. وی باور دارد که زبان کتاب مقدس سرشار از عناصر اسطوره‌ای است و باید آن را در پرتو فهم وجودی انسانِ معاصر تفسیر کرد. از این منظر، ایمان جایگزین رخداد عینی معجزه می‌شود و حقیقت دینی در تجربه درونی مؤمن تحقق می‌یابد، نه در تغییرات مادی طبیعت. این پژوهش با روش تحلیلی ـ تطبیقی، مبانی هستی‌شناختی و معرفت‌شناختی دو دیدگاه را در نسبت میان وحی، عقل و طبیعت بررسی می‌کند. نتایج نشان می‌دهد که در بیان علامه طباطبایی، عقل و وحی در تبیین معجزه هماهنگ و مکمل یکدیگرند، در حالی که در الهیات بولتمان، ایمان جای عقل و تجربه بیرونی را می‌گیرد و معجزه به سطح زبان و معنا تنزل می‌یابد.