یکی از راه‌ها و ابزارهای دستیابی به نقش یک نظریه در فهم دین و اهمیت فلسفه وتعقل در آن، بررسی نظریات مخالفان آن است، اندیشه شیخ مجتبی قزوینی پیرامون معاد جسمانی یکی از این نظریه‌هاست، که تفکیکی میان سه روش معرفتی: فلسفی، عرفانی و روش قرآن وسنت است، در این اندیشه،‌ معارف الهی از بشری جدا شده و به نفی دو علم معرفتی فلسفه و عرفان بعنوان علوم مطرح بشری کمر همت بسته شده است.

و از آنجایی که فلسفه نقش مادر علوم را دارد و بیان گر حقایق هستی است، نقد و نفی جدی آن از جانب تفکیک گرایان، بویژه در عرصه ی تبیین مسائل ماورائی و غیرمادی همچون معاد جسمانی، انگیزه و اشتیاق ایجاد کرد تا به نقد و بررسی مسأله ی معاد در کتاب «بیان الفرقان» تألیف مرحوم شیخ مجتبی قزوینی خراسانی پرداخته شود.

نتایج تحقیق که به روش توصیفی تحلیلی انجام شده نشان می دهد که مبانی نظری‌ شیخ مجتبی قزوینی وجود و تحقق معاد جسمانی را که برگرفته از آیات قرآن و روایات اهل بیت علیهم السلام است. ضروری می‌داند و قائل به بازگشت انسانها با همین جسم عنصری مادی ، در قیامت است و باید گفت ایشان حجت باطنی یعنی عقل را که امر معصومین علیهم السلام است را نادیده انگاشته و دچار «مغالطه انگیزه و انگیخته» شده و به جای اینکه به بررسی ادله یک مدعا بپردازد به تعلقات و انگیزه های احتمالی مدعی توجه نموده است.